Berlatar awal Era Meiji, Rurouni Kenshin: Meiji Kenkaku Romantan menceritakan sosok ronin bernama Kenshin Himura, seorang mantan pembunuh sadis yang kini bersumpah untuk melindungi pihak yang lemah sebagai penebusan dosa-dosanya di masa lalu. Suatu ketika, Kenshin bertemu pemilik dojo, yaitu Kaoru Kamiya, yang tengah mengalami kesulitan karena dojonya terancam ditutup akibat perbuatan seorang penjahat yang tak bertanggung jawab. Dengan begitu, pengembaraan Kenshin terhenti sementara demi membantu Kaoru. Bersamaan dengan itu, ada bayang-bayang dari masa lalu yang masih berusaha mengejar Kenshin.